Los recientes avances en secuenciación génica nos han permitido explorar en profundidad la estructura de las comunidades complejas que colonizan el ser humano. Esta vida en común entre animales superiores y bacterias, fuente de beneficios mutuos, se remonta a más de tres mil millones de años. La estabilidad de dicha simbiosis entre microorganismos y animal hospedador lo largo de la evolución se debe a la ganancia que obtienen ambos miembros, en el caso de que se trate de una relación mutualista, o sólo uno de ellos en el caso de una relación comensal. En cambio, las relaciones de parasitismo o infección, que entrañan perjuicio o daño para uno de los miembros en beneficio del otro, no suelen ser estables en la evolución de las especies.
