Los genes de resistencia a antibióticos ligados a elementos móviles (no integrados en el cromosoma) persisten durante más tiempo aun después de suspender la terapia con antibióticos, ya que se trasladan de unas especies a otras que pasan a ser resistentes y dominantes. El uso de algunos probióticos en paralelo con los tratamientos antibióticos evita la proliferación de cepas resistentes mediante un mecanismo de competición.
Uno de los posibles efectos adversos de los probióticos bacterianos podría ser la trasferencia de genes de resistencia a los antibióticos a otros miembros de la comunidad microbiana intestinal.
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