La superficie del aparato digestivo forma la primera barrera de contacto con el medio externo, donde permanentemente tomamos contacto con infinidad de antígenos, muy diferentes entre sí, desde nutrientes básicos hasta patógenos bacterianos. Es por ello que, a nivel intestinal, existe un extenso tejido inmunológico destinado a la defensa y mantenimiento de la homeostasis del medio interno. Por un lado, este tejido habrá de desarrollar una adecuada respuesta inmunológica protectora frente a patógenos bacterianos, pero a la par, debe de ser capaz de distinguir antígenos inocuos, como proteínas alimentarias y nuestra propia flora comensal, fenómeno que ha venido a denominarse tolerancia oral. En virtud de una adecuada discriminación entre patógenos y antígenos inocuos, tendrá lugar un adecuado balance entre desarrollo de inmunidad o tolerancia, y no así el desarrollo de alergias alimentarias o respuestas inflamatorias exacerbadas. En este complejo proceso de desarrollo de fenómenos inmunológicos que comienza desde el mismo momento del nacimiento, intervienen diversos factores, entre los que nuestra microbiota desempeña un papel fundamental.